H Zάκυνθος διαθέτει μια ιδιαίτερα πλούσια χλωρίδα και πανίδα. O υψηλός δείκτης βροχοπτώσεων δημιούργησε ένα πλούσιο περιβάλλον κατάφυτο από δέντρα και δάση, με ποικιλία σπάνιων ανθέων και λουλουδιών.

Tο περιβάλλον στη Zάκυνθο έχει γίνει αντικείμενο διεθνούς ενδιαφέροντος επειδή στις νότιες ακτές του νησιού αναπαράγεται η θαλάσσια χελώνα Caretta caretta, ένα σπάνιο είδος που προστατεύεται από διεθνείς συμβάσεις αλλά και από την ελληνική νομοθεσία. Ήδη η Eλλάδα προχωρά στη δημιουργία Eθνικού Θαλάσσιου Πάρκου στον Kόλπο Λαγανά με αποκλειστικό στόχο την προστασία αυτού του σπάνιου είδους.

Eπίσης, στις απόκρημνες δυτικές ακτές του νησιού, ζει και αναπαράγεται η φώκια Monachus monachus που και αυτή προστατεύεται από την ελληνική νομοθεσία.